Рукава реки Преголя делят город на четыре части. Большая часть города расположена к северу от реки. К югу от реки- Остров Канта (Кнайпхоф) и Октябрьский район (Ломзе) расположены между рукавами реки.
В Калининграде расположено семь действующих мостов через Преголю, один разобранный и один недостроенный.